देश की कई बड़ी आतंकी घटनाओं की जांच में आजमगढ़ का नाम सामने आता रहा है। मुंबई सीरियल ब्लास्ट, वाराणसी और गोरखपुर धमाके, फैजाबाद, अहमदाबाद ब्लास्ट, बाटला हाउस मुठभेड़ और आईएसआईएस मॉड्यूल से जुड़े मामलों में जिले के कुछ व्यक्तियों और क्षेत्रों का नाम जांच एजेंसियों के रिकॉर्ड में दर्ज हुए हैं।