शर्मा ने बॉम्बे हाई कोर्ट को चुनौती दी है जिसने उन्हें 2006 में गैंगस्टर छोटा राजन के कथित, करीबी सहयोगी रामनारायण गुप्ता की फर्जी मुठभेड़ में आजीवन कारावास की सजा सुनाई थी। उच्च न्यायालय ने मामले में 13 अन्य आरोपियों, 12 पूर्व पुलिसकर्मियों और एक नागरिक की दोषसिद्धि और आजीवन कारावास की सजा को बरकरार रखा है। ",

ट्रायल कोर्ट ने 13 अन्य आरोपियों को दोषी ठहराया था और प्रदीप शर्मा को बरी कर दिया था। लेकिन उच्च न्यायालय ने प्रदीप शर्मा को बरी करने के फैसले को पलट दिया और सबूतों की श्रृंखला के आधार पर उन्हें दोषी ठहराया। कुल 13 आरोपियों को हाईकोर्ट ने दोषी करार दिया है. प्रदीप शर्मा एंटीलिया ब्लास्ट और मनसुख हिरेन हत्या मामले में भी आरोपी हैं।

शर्मा के घर पर छापेमारी के अलावा, आईटी अधिकारियों ने महाराष्ट्र के पूर्व विधायक और व्यवसायी घनश्याम दुबे के आवास की भी तलाशी ली। पिछले साल जनवरी में, दुबे पर उत्तर प्रदेश पुलिस ने फर्जी दस्तावेजों का उपयोग करके जमीन का एक टुकड़ा हड़पने के आरोप में मामला दर्ज किया था। उत्तर प्रदेश के भदोही निवासी दुबे, उनके ड्राइवर हरि प्रसाद और भदोही तहसील के पूर्व उप-रजिस्ट्रार के खिलाफ मामला दर्ज किया गया था।

मुंबई पुलिस के पूर्व एनकाउंटर स्पेशलिस्ट प्रदीप शर्मा को सुप्रीम कोर्ट ने बड़ी राहत देते हुए उनकी जमानत की अवधि को चार सप्तक के लिए बढ़ा दिया है। उन्होंने अपनी पत्नी की सर्जरी के लिए जमानत ली थी। प्रदीप शर्मा पर मनसुख हिरेन की हत्या में शामिल होने का आरोप है।