यद्यपि परिवहन सेवाओं का राजस्व बढ़ रहा है, फिर भी विभिन्न रियायतों के कारण परिवहन अपेक्षित राजस्व से वंचित रह रहा है। 75 वर्ष की आयु पूरी कर चुके वरिष्ठ नागरिकों के लिए मुफ्त यात्रा, महिलाओं के लिए किराए में 50 प्रतिशत की छूट, विकलांगों और स्कूली छात्रों को दी जाने वाली रियायतों के कारण टीएमटी को प्रतिदिन चार से पाँच लाख और प्रति माह एक से डेढ़ करोड़ का नुकसान हो रहा है। ठाणे के लोगों को तेज़ और सस्ती परिवहन सेवाएँ प्रदान करने के लिए, ठाणे नगर निगम ने एक परिवहन सेवा पहल शुरू की। इस पहल के तहत, ठाणे परिवहन की लगभग 380 बसों में न केवल शहर में बल्कि आसपास के क्षेत्रों में भी तीन से साढ़े तीन लाख यात्री नियमित रूप से यात्रा करते हैं।