सीईटी सेल ने इन सीटों पर प्रवेश के लिए संस्थान स्तर पर प्रवेश प्रक्रिया के कार्यान्वयन के संबंध में नियम बनाए हैं और नियमानुसार निर्देश दिए हैं। हालांकि, इंजीनियरिंग कॉलेजों ने सीईटी सेल के मानदंडों का उल्लंघन करते हुए सीएपी दौर की समाप्ति से पहले ही प्रवेश प्रक्रिया शुरू कर दी है। उन पर बड़े पैमाने पर वित्तीय लेनदेन के जरिए कम अंक वाले छात्रों को प्रवेश देने का आरोप लगाया गया है। इस संबंध में संयुक्त सचिव कल्पेश यादव ने युवा सेना के माध्यम से पुणे और पिंपरी-चिंचवड़ इंजीनियरिंग कॉलेजों के सीईटी सेल में शिकायत दर्ज कराई है।