संजय निरुपम कथित तौर पर पार्टी नेतृत्व से असंतुष्ट हैं, खासकर राजनीतिक हलकों में हाल की चर्चाओं के बाद यह संकेत मिल रहा है कि उद्धव ठाकरे की पार्टी महा विकास अघाड़ी गठबंधन कोटे से मुंबई की अधिकांश सीटों के लिए उम्मीदवारों को नामांकित कर सकती है।कई मौकों पर निरुपम ने चिंता जताई है कि अगर ऐसा हुआ तो पार्टी के मुंबई कैडर को नैतिक झटका लगेगा।कुछ दिन पहले, उन्होंने ईडी द्वारा उनकी गिरफ्तारी के बाद दिल्ली के सीएम अरविंद केजरीवाल को समर्थन देने के सबसे पुरानी पार्टी के फैसले पर भी सवाल उठाया था।